Contrapunctus wirft einen schonungslosen Blick auf das Leben von Indigo, Rutha-Pong, Habibi und Olaudah. Vier Schwarze Deutsche, die im Berlin der Jahrtausendwende mit dem kolonialen Erbe der Stadt, ihren Beziehungen und den Symptomen rassistischer Tendenzen in der Gesellschaft kämpfen.

Indigo leidet seit ihrer Kindheit unter den Symptomen einer rätselhaften Krankheit, deren Ursprung sich die Ärzte nicht erklären können: Sie fällt in Ohnmacht und jeder dieser Anfälle entführt ihr Bewusstsein in eine Welt, in der kollektive Erinnerungen die Wirklichkeit bestimmen. Rutha-Pong steht vor einer schweren Entscheidung: Wird sie Olaudah, den Vater ihres Sohns, nach dessen Haftstrafe wieder in ihr Leben aufnehmen oder wird sie sich für ihren Freund Habibi entscheiden? Habibi hat eine besondere Gabe: Im Schweigen der Anderen erkennt er, was die Menschen zutiefst miteinander verbindet.

Die Form des Romans orientiert sich am musiktheoretischen Konzept der kontrapunktischen Kompositionsweise. Johann Sebastian Bachs Kunst der Fuge wird zum zentralen Bestandteil der Handlung. Die Themen Ohnmacht, Gefangen-Sein, Einwanderung, Heimat, Zugehörigkeit und Verbundenheit sind die Tonarten, auf deren Grundlage sich die Melodien im Text entwickeln. Sie durchlaufen die einzelnen Stimmen, werden in ihrer Umkehrung und auf immer neue Weise miteinander verknüpft.